免税措置が適用されるのは、例えば次のような場合です。

土地の名義人である父が亡くなり、相続人である母及び子１人の間で遺産分割協議をする前に母も亡くなった場合、父から母及び子へ所有権移転登記をして母及び子の共有名義にした後、母から子へ持分移転登記をして子の単独名義にします。

父から母及び子への所有権移転登記のうち母への移転登記の部分については、亡くなった相続人名義とする登記なので、本免税措置が適用されます。

登録免許税の免税措置の適用を受けるには、法務局に提出する登記申請書に、免税の根拠となる条項を記載する必要があります。

具体的には「租税特別措置法第８４条の２の３第１項により非課税（一部非課税）」などと記載します。

法務大臣が指定する土地とは、市町村の行政目的のため相続による土地の所有権の移転の登記の促進を特に図る必要があるものとして、法務大臣が指定する土地のことで、法務局・地方法務局のホームページに掲載されています。

本免税措置の適用を受けるには、法務局に提出する登記申請書に、免税の根拠となる条項を記載する必要があります。具体的には「租税特別措置法第８４条の２の３第２項により非課税（一部非課税）」などと記載します。

例えば、不動産価格が１０万円の土地の相続登記を申請するには、通常１０００円の登録免許税がかかります（１０万円に税率４／１０００を掛けると４００円になりますが、計算結果が１０００円に満たない場合は、登録免許税は１０００円になります）。

この土地が、本免税措置の要件を満たす場合は、１０００円全額が免除されます。